Program Magister ini secara resmi dibuka tahun 1996 berdasarkan Surat Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi Nomor 60 tahun 1996, dan ditetapkan kembali oleh Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia Nomor 173 tahun 1998.  Pada Tahun 2000 Program Magister Ilmu Administrasi Program Pascasarjana Universitas Garut mendapat akreditasi dari Badan Akreditasi Negara dengan peringkat B sesuai dengan SK BAN-PT Nomor 025/BAN-PT/Ak-I/S2/IX/2000.

Menyadari akan adanya kebutuhan yang diakibatkan oleh dinamika perubahan yang sedang berlangsung, baik yang berasal dari pemerintah dan internal organisasi serta tuntutan masyarakat sebagai pengguna jasa pendidikan itu sendiri, maka Program Pascasarjana Universitas Garut yang berada di bawah pengelolaan Yayasan Universitas Garut (YUNGA) membuka Program Pascasarjana Program Studi Ilmu Administrasi dan Program Studi Magister Manajemen Pendidikan Islam.